Archeologická, přírodovědná a národopisná expozice
Stálá archeologická, přírodovědná a národopisná expozice, která vznikala v průběhu celého roku 2019 na druhém podlaží hlavní historické budovy muzea o rozloze 730 metrů čtverečních, představuje to nejlepší z oblasti přírodních věd, geologie, archeologie a národopisu.
Archeologická expozice Archeologická expozice Jihočeského muzea je koncipována jako procházka nejstaršími dějinami jižních Čech, v níž jsou vedle obecné charakteristiky každého období zdůrazněny nejvýznamnější fenomény pro danou epochu. Kromě vlastních exponátů a textů je expozice doplněna dotykovými obrazovkami, fyzickými modely, filmem, 3D virtuálními rekonstrukcemi a řadou edukačních prvků. Celou expozici provází časová osa s vyznačenými nejvýznamnějšími událostmi světových dějin v kontextu jihočeského pravěku a raného středověku. V závěru expozice je pozornost věnována i metodologii a dějinám oboru.
Přírodovědná expozice Nejprve jsou představeny vegetační, klimatické a geologické parametry jižních Čech a jejich provázanost se sousedními Alpami. Dalším je sál lesů a bezlesí jižních Čech, kde se nachází expozice suchozemských biotopů. Každý biotop je popsaný a doplněný výsuvnými herbáři, vitrínou s živočichy, lyofilizovanými houbami a vitrínkou s příslušníky bezobratlých. Je zde představeno 7 významných biotopů a fenoménů jižních Čech, jako jsou rašeliniště, horské smrčiny, vliv Alp v podobě alpských prvků, výstupy vápenců v Předšumaví, opuštěné kulturní bezlesí, kulturní lesy a přirozené smíšené lesy. Druhý sál je sálem vod jižních Čech. Zde je model řeky, na kterém lze pozorovat, jak teče voda, jak se tok mění v jednotlivých ročních obdobích, které lze navolit. Na druhé straně sálu je dioráma rybníka s jeho nejbližším okolím. Jsou zde ukázky vodních ptáků, ryb, bezobratlých, rostlin i hub vyskytujících se na hrázi a je možné nahlédnout i do vydří nory. Následují významné biotopy, jako jsou řeky, říční údolí, jezera, rybníky a pískovny.
Geologická expozice Geologická část nabízí návštěvníkům kolem 670 exponátů včetně základů mineralogického systému, typických minerálů nebo hornin jižních Čech. Záměrem však není prezentovat pouze regionální geologii, ale ukázat to nejlepší, co ve sbírkách Jihočeské muzeum má - tedy i exponáty z evropských a světových lokalit, zastoupena je také paleontologie. Velkým lákadlem jsou i tektity (včetně vltavínů), kalcity z Číny, ametystová geoda z Brazílie nebo meteority včetně toho největšího, železného ze sbírek muzea, který pochází z ruské lokality Sikhote-Alin a váží 2 061 gramů. Součástí expozice je i moderní přístroj MicroEye, díky kterému si mohou návštěvníci přiblížit drobné exponáty, které by jinak v expozici zbytečně zanikly.
Národopisná expozice Expozice představuje bohatou lidovou kulturu jižních Čech od architektury přes kroje a zvykosloví až po lidové umění. Zájemci si prohlédnou sváteční oblečení žen z Doudlebska, Blat, Kozácka a Prácheňska, malým průřezem je představena také cenná obrazová dokumentace lidové architektury, ať už jde o fotografie (ty nejstarší byly pořízeny ve 20. letech minulého století), nebo kresby Aloise Terše a Karla Hlubučka. Pozornost návštěvníků upoutá model blatského statku, vytvořený Ing. Zdeňkem Korbelou podle skutečného stavení v Zálší č. 5, je také možné nahlédnout do interiéru venkovského domu z Doudlebska s lidovým nábytkem a svatým koutem, zdobeným podmalbami na skle, který byl nejdůležitějším místem ve stavení. Návštěvníci si připomenou jihočeské masopusty, nejkrásnější velikonoční vajíčka, tradici poutí, dožínek a samozřejmě také adventní a vánoční dobu s vůní perníku a krásou lidových betlémů. Bohatá a vzácná je kolekce podmaleb na skle ze Šumavy nebo jihočesko-rakouského pomezí, sbírka lidových plastik, které v minulosti zdobily výklenky ve staveních, kapličky i interiéry, keramika nebo výrobky z kůže či kovu.